Vào năm 1698, trong một lần vào Nam kinh lý, Nguyễn Hữu Cảnh đặt ra phủ Gia Đinh bao gồm hai huyện là Phước Long và Tân Bình. Thủ phủ Gia Định được đặt tại khu vực Bến Nghé nơi có nhiều lợi thế về mặt địa lý. Lúc đầu, phủ Gia Định chỉ gồm miền Đông Nam Bộ nhưng về sau được mở rộng ra cả miền Tây Nam Bộ.
Nửa thế kỷ sau, sau bao nhiêu lần mở rộng các khu vực khác thì thủ phủ ban đầu nằm ở Bến Nghé không còn nằm ở vị trí trung tâm nữa, tuy nhiên chính quyền vẫn giữ nguyên vị trí của nó tại đây. Bến Nghé đương thời nằm bên cạnh bờ sông là nơi có hệ thống giao thông đường thủy thuận lợi với một cảng sông đầy thuyền bè tấp nập chuyên chở hàng hóa buôn bán.
Sài Gòn xưa chỉ là phố trụ Sài Gòn chỉ bao gồm khu vực Chợ Lớn – Quận 5 sau này. Phố trụ Sài Gòn ở phía Nam trấn thự, cách đường Cái Quan (đường Nguyễn Trãi ngày nay) khoảng 18km. Sau khi Pháp đáɴн cнιếм thành Gia Định vào năm 1859 rồi đổi tên Phố trụ Sài Gòn và Phố thị Bến Thành là thành phố Saigon. Thành Gia Định (tức Thanh Phụng) cũng được người Pháp gọi là thành Saigon.
Các cổ lũy bảo vệ Sài Gòn rìa Bên Nghé xưa gồm Lão cầm và Bán Bích. Lão Cầm cổ lũy ở địa phận thôn Đức Hòa, huyện Bình Dương (quận 10) dài 10.447 m, nằm đối diện với lũy Hoa Phong và lũy Lão cầm, nên gọi là Giao Ba. Còn Bán Bích cổ lũy ở địa phận hai huyện Bình Dương và Tân Long (quận 11, quận 10, quận 3), dài 3.672 m; hình dáng tựa như nửa tấm vách, ở đây còn có lũy đất dài 5.610 m, đã được Đốc chiến Nguyễn cửu Đàm đắp trên nền các cổ luỹ Lão cầm và Ba Giao vào năm 1772. Năm 1862, một người Pháp là Coffyn vẽ dự án quy hoạch thành phố Sài Gòn cho 500.000 dân cũng lấy Bán Bích làm địa giới, nên người ta coi Nguyễn cửu Đàm là nhà quy hoạch đầu tiên của thành phố có tầm nhìn xa hiểu rộng.
Năm 1788, sau khi lấy lại thành Gia Định từ nhà Tây Sơn, Nguyễn Ánh thấy lũy đất tuy vững chắc và rộng lớn những vẫn chưa đủ sức để bảo vệ Gia Định nên giao cho Trần Văn Học và một số kiến trúc sư người Pháp như Olivier de Puymanel, J.M.Dayot, Le Brun… xây một thành trì phòng thủ theo phong cách của Phương Tây. Năm 1790 thành Gia Định được xây dựng, sau 2 năm đã xây dựng đến đất Mỹ Tho …
Thành được xây dựng vào năm 1790 ở thôn Tân Khai huyện Bình Dương (Quận 1) với hình dáng như hoa sen mở ra 8 cửa, có 8 con đường ngang dọc. Từ Đông sang Tây hay từ Nam sang Bắc đều có chiều dài là 573.92m và chiều cao lên đến 5,51m, thành đường 31,7m được đắp làm 3 cấp. Trong thành đằng trước bên trái dựng Thái Miếu, giữa làm sở hành tại còn bên phải có kho cục Chế Tạo, xung quanh là các dãy nhà kho quân túc vệ ở.
Trước sau có làm vọng đầu bát giác nằm ở độ cao 53 m, hào bao quanh thành rộng 65,72m và sâu 6,94m đường vào thành được xây cầu bắc ngang qua hào. Trừ 2 cửa thành chính còn lại 6 cửa đều có xây thanh mặt tiền, ở ngoài 6 cửa đều có xây 6 thành nhỏ kiên cố để bảo vệ được gọi là thành Dương Mã.
Để bảo vệ thành Gia Định, trên sông Saigon có hai đồn bố phòng có tên là Giác Ngư và Thảo Câu. Được xây dựng vào năm 1789, hai đồn này có chu vi 54,06 m và cao 3m, phía trước mở một cửa, cả 4 mặt đều có ѕúиɢ ốиɢ đầy đủ. Trong thành Gia Định có các công trình chính như: cục Chế Tạo, kho Bạc, kho Đồn Điền, Trại ѕúиɢ, kho тнuốc súɴԍ.
Bên ngoài thành Gia Định được xây dựng các công trình kiến trúc như:
Xưởng Chu Sư ( Nay là xưởng đóng tàu Bason) nằm cách thành 763,2m.
Xưởng Voi nằm ở ngoài trại đất cửa Khảm Hiểm.
Trường тнuốc súɴԍ ở cửa Khuôn Trình cách thành khoảng hơn 1500m dài 763m.
Khám Đường Địᴀ ɴԍục ở ngoài cửa Khuôn Trinh.
Sứ quán bên trại trước cửa Lý Minh cách thành 763,2m.
Học đường bên trái toại thành.
Kho bốn trấn được xây dựng trên nền cũ của kho quản thảo phía nam cách thành hơn 3000m.
Trường diễn võ đặt ở Tây Nam cách thành 7600m.
Năm 1832, Minh Mạng cho giải thể thành Gia Định. Từ năm 1836 cho đến năm 1837, triều Nguyễn xây lại thành Gia Định với quy mô nhỏ hơn do Tổng Đốc Tịnh Biên và Tổng Đốc Long Trường chỉ huy. Lúc này thành Gia Định không còn là lỵ sở cửa Gia Định mà là lỵ sở của tỉnh Phiên An, một trong 5 trấn thuộc thành Gia Định với khoảng 100.000 dân được chia làm 60 xã
Đầu năm 1859, liên quân Pháp – Tây Ban Nha viện cớ Việt Nam không có tự do tín ngưỡng ʙácн нạι đạo Thiên Chúa đã đáɴн cнιếм thành Gia Định. Sau khi chiếm được Gia Định, chúng phá hủy thành trì cho xây dựng, quy hoạch lại với tên gọi “Quy hoạch xây dựng thành phố Sài Gòn” với khoảng 500.000 dân vào đầu năm 1861 do Coffyn thiết kế trên diện tích khoảng 2.500 ha.
Ranh giới của quy hoạch được xác định: một mặt là rạch Bến Nghé và rạch Thị Nghè, mặt kia là sông Saigon và một đường rạch nối từ chùa Cây Mai đến phòng tuyến cũ đồn Chí Hòa. Ranh giới này khiến Saigon trở thành một “đô thị ốc đảo”. Dự án quy hoạch Saigon của Coffyn đã đề cập rất rõ về việc phân chia lô đất một cách nhất quán mà người sau có thể nhìn thấy rõ qua các tấm không ảnh Saigon thời Pháp thuộc. Có 4 hạng lô như sau:
Hạng nhất (nhà buôn nhỏ trên bến cảng): 10 m X12 m = 120 m2.
Hạng hai (nhà buôn lớn trên bến cảng): 20 m X 20 m = 400 m2.
Hạng ba (nhà ở trong đô thị): 20 m X 80 m = 1600 m2.
Hạng tư (nhà ở ngoại Ô): 50 m X 9 m = 450 m2.
Bốc cục không gian đô thị
Thành Phố được chia làm 2 khu vực lớn là Khu Hành Chính và Khu Thương Nghiệp. Trong đó Khu Hành Chính nằm ở phía đông đường Imperial (nay là đường Hai Bà Trưng) cho tới rạch Thị Nghè với diện tích rộng khoảng 200 ha. Còn Khu Thương Mại nằm ở phía tây đường Imperial (đường Hai Bà Trưng) cho tới khu Chợ Lớn bao gồm cả thành phố rộng lớn này với diện tích 2.300 ha.
Về hạ tầng kỹ thuật: thành phố tổ chức mảng lưới giao thông và bến cảng rất quy mô. Các đường phố chính được xây dựng có chiều rộng lên đến 40m, vỉa hè rộng 4 m và đều có đến hai hàng cây xanh ở hai bên. Đường phụ 30m vỉa hè 2 và mỗi bên chỉ có 1 hàng cây xanh. Còn các bên sông Sài Gòn cũng như rạch Bến Nghé và rạch Thị Nghè đều rộng 40 m, vỉa hè rộng 6 m và cũng được trồng hai hàng cây ở hai bên.
Về hạ tầng thoát nước: Do địa hình Saigon không bằng phẳng, cao hơn mặt nước không được bao nhiêu lại thường xuyên xuất hiện hiện tượng triều dâng nên các đường ống cống phải được trang bị cửa cống đóng mở tự động chứ không được sử dụng cống thường.
Do quy hoạch Sài Gòn của Coffyn quá lớn, không thực tế, ngày 15/6/1865 mới có Nghị định chính thức thiết lập thành phố Sài Gòn với ranh giới địa phận nằm giữa rạch Thị Nghè, sông Sài Gòn, rạch Bến Nghé, đường mới cầu Ông Lãnh (Boresse cũ), một khúc đường đi Chợ Lớn, rẽ vào đường Nguyễn Thị Minh Khai (Chasselong Laubat cũ) thẳng tới rạch Thị Nghè. Như vậy, thành phố Sài Gòn rất nhỏ, nằm một góc trong quận 1 hiện nay. Khi ấy Sài Gòn có 24 con đường phố lớn, nhỏ và đầy đủ các cơ quan công quyền có tính chất thống trị.
Cùng vào năm 1865, ngày 14/7/1865, Chính phủ Pháp đã ban hành Nghị định về thiết lập thành phố Chợ Lớn trên địa bàn phố thị Sài Gòn với diện tích khoảng trên 300 ha và 31 đường phố lớn nhỏ.
Địa phận thành phố Chợ Lớn nằm trong khuôn viên bốn đường: Nguyễn Tri Phương về phía Đông, Minh Phụng – Bình Tiên về phía Tây, Tùng Thiên Vương về phía Nam, đại lộ Hùng Vương về phía Bắc.
Trải qua thời gian dài thuộc Pháp (từ năm 1862 -1945), địa bàn thành phố Sài Gòn phát triển từ quy mô lúc đầu chỉ có 300 ha đến ngày 27/4/193} theo Nghị định sát nhập hai thành phố Sài Gòn và thành phố Chợ Lớn với nhau gọi là địa phương Sài Gòn – Chợ Lớn rộng đến 5.100 ha, chia làm 5 quận cảnh sát (Sài Gòn 3, Chợ Lớn 2) với dân số 256.000 người. Như vậy địa phương Sài Gòn – Chợ Lớn rộng gấp đôi quy hoạch của Coffyn năm 1862 (2.500 ha) và chủ yếu phát triển về phía Tây Nam, còn phía Đông thì bị ngăn lại bởi sông Sài Gòn.