Năm 1306, vua Chiêm dang hai châu là Châu Ô và Châu Lý làm sính lễ hỏi cưới công chúa Huyền Trân. Đến năm 1307, Vua Trần lúc đó là Trần Anh Tông tiếp quản vùng đất mới và đổi tên hai châu thành Châu Thuận và Châu Hóa. Đến thời nhà Minh 2 châu này được sáp nhập và đặt tên là phủ Thuận Hóa. Phủ Thuận Hóa chính thức trở thành một đơn vị hành chính cấp tỉnh vào thời Hậu Lê.
Năm 1604, Nguyễn Hoàng đã bỏ cấp huyện Điện Bàn thuộc trấn Châu Hóa nâng lên thành cấp phủ sáp nhật vào trấn Quảng Nam. Thuận Hóa dưới thời chúa Nguyễn là vùng đất rộng lớn trải dài từ Đèo Ngang cho tới đèo Hải Vân.
Phú Xuân
Năm 1626, để chuẩn bị cho việc chống lại nhà Trịnh, Chúa Sãi Nguyễn Phúc Nguyên dời dinh đến làng Phước Yên(Phúc An) thuộc huyển Quảng Điện, Tỉnh Thừa Thiên Huế và đổi dinh thành phủ.
Năm 1636, Chúa Thượng Nguyễn Phúc Lan chọn làng Kim Long, thuộc huyện Hương Trà, tỉnh Thừa Thiên, làm nơi đặt Phủ thay cho phủ cũ.
Năm 1687, Chúa Ngãi Nguyễn Phúc Thái tiếp tục dời Phủ chúa về làng Phú Xuân, thuộc huyện Hương Tràm.
Năm 1712, Chúa Minh Nguyễn Phúc Chu dời phủ về làng Bác Vọng thuộc huyện Quảng Điền, tỉnh Thừa Thiên.
Năm 1738 thì phủ chúa mới được Võ Vương Nguyễn Phúc Khóa di dời về vị trí cũ là làng Phú Xuân và yên vị ở đó cho đến khi nhà Nguyễn thất thế vào tay nhà Trịnh.
Nguồn gốc định danh Huế.
Chưa có nguồn thông tin khẳng định địa danh Huế xuất hiện chính thức vào lúc nào. Có nhiều thông tin khác nhau như:
1/ Vua Lê Thánh Tông là người đầu tiên nhắc đến định danh Huế trong bài văn nôm “Thập giới cô hồn quốc ngữ văn”. Trong đó có câu : “Hương kỳ nam, vảy đồi mồi, búi an tức, bì hồ tiêu, thau Lào, thóc Huế,thuyền tám tầm chở đã vạy then”.
2/ Những tài liệu sử học cũ ngoài trừ “Quốc Triều Chính Biên Toát Yếu” khi nhắc tới địa danh Huế đều dùng cái tên là Phú Xuân hoặc Kinh, Kinh Đô chứ không dùng tên là Huế.
3/ Bộ “Việt Nam Sử Lược” của nhà sử học Trần Trọng Kim là bộ sử đầu tiên của Việt Nam được viết bằng chữ quốc ngữ, ngoài những nguồn sử liệu truyền thống trong nước, tác giả còn sử dụng những nguồn sử liệu của Phương Tây và định danh Huế được xuất hiện.
4/ Trong cuốn hồi ký của một thương nhân người Pháp Pierre Poivre, người đã đến Phú Xuân vào năm 1749 thì cái tên Huế được xuất hiện nhiều lần dưới dạng hoàn “Hué”.
5/ Năm 1787, Bản đồ duyên hải Đàng Trong do Le Floch de la Carrière vẽ cho Bộ Hải Quân Pháp trong đó có bản đồ đô thành Huế được vẽ một cách khá chi tiết và cái tên “Hué” được ghi như cách người Pháp thường viết về Huế.
6/ Trong một lá thư của Olivvier de Puynamel được viết tại Saigon vào năm 1789 để gởi cho Létodal ở Macao, hai lần cái tên “Hué” được nhắc đến khi nói về tình hình nơi này.
Huế dưới thời nhà Nguyễn
Năm 1802, Nguyễn Phúc Ánh (Sau này là Vua Gia Long) đã thành công trong việc thống nhất và kiểm soát toàn bộ lãnh thổ Việt Nam. Ông chọn Phú Xuân làm Kinh thành đồng thời đặt dinh Quảng Đức làm vùng phụ cận để bao bọc kinh thành.
Sau khi vua Minh Mạng lên ngôi đã đổi dinh Quảng Đức thành phủ Thừa Thiên. Năm 1831 – 1832, trong đợt cải cách hành chính các đơn vị hành chính lớn như dinh, trấn được đổi thành tỉnh trực thuộc thẳng triều đình. Riêng phủ Thừa Thiên có vị trí kinh sư nên vẫn giữ cấp phủ nhưng có địa vị ngang cấp tỉnh.
Sau khi Minh Mạng lên ngôi, đã đổi dinh Quảng Đức thành phủ Thừa Thiên. Trong đợt cải cách hành chính 1831-1832, các đơn vị hành chính lớn như dinh, trấn được đổi thành tỉnh, trực thuộc thẳng triều đình.
Riêng phủ Thừa Thiên do có vị trí kinh sư nên vẫn giữ cấp phủ, nhưng có địa vị ngang cấp tỉnh.
Cho đến đầu thời kỳ Pháp thuộc, Huế là tên gọi dân gian để ám chỉ Kinh Thành. Mãi đến ngày 12/07/1899, vua Thành Thái đã ban Dụ thành lập thị xã Huế (Centre urbain de Hué) dưới tác động của chính quyền thực dân nhằm đẩy nhanh quá trình đô thị hóa. Ranh giới được xác lập xen giữa kinh thành bao gồm các vùng phụ cận quanh kinh thành và dải đất dọc theo bờ Nam sông Hương tức là trục đường Lê Lợi nối từ cầu Ga đến Đập Đá ngày nay. Dụ này được Toàn quyền Đông Dương chuẩn y sau 1 tháng và từ đó định danh Huế trở thành cái tên chính thức cho đến tận ngày nay
Tiếp theo đó, thị xã Huế đã có 3 lần mở rộng ranh giới về phía bờ Nam Sông Hương theo các cột mốc:
Ngày 22 tháng 6 năm 1903 của vua Thành Thái
Ngày 9 tháng 5 năm 1908 của vua Duy Tân
Ngày 21 tháng 11 năm 1921 của vua Khải Định
Bấy giờ, Thị Xã Huế được phân làm 9 phường gồm:
Đệ Nhất (vị trí phường Phú Hòa nay)
Đệ Nhị (vị trí phường Phú Bình nay)
Đệ Tam (một phần phường Phú Thuận nay)
Đệ Tứ (một phần phường Phú Thuận nay)
Đệ Ngũ (vị trí phường Phú Cát nay)
Đệ Lục (một phần phường Phú Hiệp nay)
Đệ Thất (một phần phường Phú Hiệp và Phú Hậu nay)
Đệ Bát (gồm các phường Vĩnh Ninh, Phú Nhuận, Phú Hội nay)
Đệ Cửu (gồm các phường Trường An và Phường Đúc).
Tuy vậy, việc phân chia này chỉ có trên danh nghĩa, vì các phần đất dai và dân cư nằm ngoài kinh thành Huế vốn thuộc địa phận làng nào thì đều do huyện ấy cai quản bao gồm các huyện Hương Trà, Hương Thủy và Phú Vang.
Mãi cho đến 12/12/1929, cựu Khâm sứ Trung Kỳ, Toàn quyền Đông Dương là Pierre Marie Antoine Pasquier ra quyết định cộng nhận thị xã Huế là thành phố loại 3(Commune de Hué). Xác lập bộ máy hành chính của thành phố đứng đầu là một viên Đốc Lý do Công sứ Pháp ở phủ Thừa Thiên kiêm nhiệm điều hành tất cả những công việc quản trị hành chính.
Ngoài ra còn có một hội đồng thành phố được lập ra cũng do viên Đốc lý làm chủ tịch. Năm 1933, Vua Bảo Đại ra sắc lệnh số 41, chuẩn y cho việc chỉnh đốn công tác quản lý và điều hành thành phố Huế. Người đứng đầu thành phố được gọi là Bang Tá ngang hàng với Tri Huyện trong phẩm hàm quan lại của người Việt nhưng trên thực tế mọi quyền quyết định chính đều phụ thuộc vào viên Đốc Lý Pháp ở Thừa Thiên.
Kể từ năm 1935, thành phố Huế trở thành một đơn vị hành chính độc lập chính thức, không còn tình trạng nhập nhằng địa giới xen với các huyện Hương Trà, Hương Thủy. Lúc này, các phần đất nào thuộc phường sẽ được sáp nhập hẳn vào thành phố để Bang Tá quản lý
Vào thời điểm đó, trong Thành nội tức khu vực kinh thành (trừ Đại nội) gồm có 10 phường: Tây Lộc, Tây Linh, Trung Hậu, Phú Nhơn, Vĩnh An, Thái Trạch, Trung Tích, Huệ An, Thuận Cát, Tri Vụ. Ngoài kinh thành và nam sông Hương có 11 phường gồm: phường Phú Bình, Phú Thịnh, Phú Hòa, Phú Hội, Phú Nhuận, Phú Vĩnh, Phú Ninh, Phú Cát, Phú Mỹ, Phú Thọ và Phú Hậu. Tổng cộng thành phố Huế có 21 phường.
Như vậy, kể từ năm 1929 đến 1945, vùng đất Thừa Thiên – Huế cùng một lúc có ba tổ chức hành chính gồm Kinh sư do Đề đốc Kinh thành của triều đình trông coi, phủ Thừa Thiên có Phủ doãn cai quản và thành phố Huế đứng đầu là Đốc lý thành phố do Công sứ Pháp ở Thừa Thiên kiêm nhiệm. Trên thực tế, trừ khu vực Kinh thành, Công sứ Pháp ở Thừa Thiên mới thực sự là người nắm quyền cai trị hành chính trong toàn phủ Thừa Thiên.
Năm 1945, lực lượng Việt Minh giành được chính quyền trên cả nước, lập chính quyền Việt Nam Dân Chủ Cộng Hòa với thủ đô tại Hà Nội. Hoàng đế cuối cùng của Nhà Nguyễn là Bảo Đại tuyên bố thoái vị và trở thành Cố vấn cho chính phủ mới. Từ đó, Huế mất đi địa vị kinh đô. Ngay cả khi Cựu Hoàng Bảo Đại sau thời gian lưu vong trở lại Việt Nam với sự giúp đỡ của thực dân Pháp vào năm 1949, đã tuyên bố mình là “Quốc Trưởng Quốc Gia Việt Nam”, với Đô Thành là Sài Gòn.
Thời kỳ Việt Nam Cộng Hòa, vị trí của trung tâm thành phố Huế rất gần khu vực giới tuyến giữa 2 miền Nam Bắc, đặt nó ở một vị trí rất dễ bị тấɴ côɴԍ trong chiến tranh Việt Nam. Trong Sự kiện Tết Mậu Thân năm 1968, trong trận Huế, thành phố đã bị thiệt hại nặng nề nhưng các danh lam thắng cảnh của thành phố vẫn đang trong tình trạng tốt.
Vào cuối thế kỷ 19, xứ Huế và cả Trung Kỳ là nơi chậm phát triển kinh tế công-thương nghiệp so với Bắc Kỳ và Nam Kỳ. Một trong những giải pháp có thể đáp ứng tích cực những yêu cầu ấy là xúc tiến việc thiết lập các khu hành chính đô thị.
Ngày 6 tháng 9 năm Thành Thái thứ 10 (ngày 20 tháng 10 năm 1898), dưới sự chỉ đạo và phê duyệt của Khâm sứ Trung Kỳ Boulloché, Cơ Mật Viện triều đình Huế đã làm tờ trình dâng lên Thành Thái yêu cầu nhà vua cho phép “những nơi nào Khâm sứ Trung Kỳ và Cơ Mật Viện xét thấy cần thiết, sẽ thiết lập ở nơi đó một đô thị”.
Ngày 5 tháng 6 năm Thành Thái thứ 11 (ngày 12 tháng 7 năm 1899), vua Thành Thái xuống Dụ công bố thành lập thị xã Huế với nội dung: “Chiểu theo kết quả tốt đẹp của những biện pháp mà Cơ Mật Viện đã đề xuất vào ngày 6 tháng 9 năm Thành Thái thứ 10 về vấn đề thành lập các đô thị ở An Nam, nay trẫm quyết định bổ khuyết các biện pháp đó bằng một tổ chức hẳn hoi. Tổ chức này được áp dụng ở các thị xã là Thanh Hóa, Vinh, Huế, Hội An, Quy Nhơn và Phan Thiết”
Ngày 13 tháng 7 năm 1899, Khâm sứ Trung Kỳ Boulloché phê duyệt tờ Dụ của vua Thành Thái, và đến ngày 30 tháng 8 năm 1899 Toàn quyền Đông Dương ra quyết định chuẩn y thành lập “Thị Xã Huế”.
Thành Phố Huế
Sau ngày tuyên bố độc lập (ngày 2 tháng 9 năm 1945), Chính phủ lâm thời Việt Nam Dân Chủ Cộng Hòa đã tiến hành kiện toàn lại bộ máy quản lý nhà nước, sắp xếp lại lại các đơn vị hành chính trong cả nước. Sắc lệnh số 77 ngày 21 tháng 12 năm 1945 của Chủ tịch Chính phủ lâm thời Việt Nam quy định Hà Nội, Hải Phòng, Nam Định, Vinh, Huế, Đà Nẵng, Đà Lạt, Sài Gòn đều đặt làm thành phố. Thành phố Hà Nội được đặt trực tiếp dưới quyền của Chính phủ Trung Ương, còn các thành phố khác đều thuộc quyền của các Kỳ.
Ở mỗi thành phố đặt cơ quan Hội đồng nhân dân thành phố, Uỷ ban hành chính thành phố, Uỷ ban hành chính khu phố
Đầu năm 1946, Chính phủ Việt Nam giải tán các cấp hành chính châu, quận, phủ, tổng; thành lập chính quyền bốn cấp từ bộ đến tỉnh- thành phố, huyện, xã (bãi bỏ cấp kỳ, thay vào đó là cấp bộ).
Huế sau năm 1954
Giai đoạn từ năm 1954-1975: sau khi thành lập chính phủ Việt Nam Cộng Hòa và ban hành hiến Pháp, Tổng Thống Ngô Đình Diệm đã tiến hành xây dựng bộ máy hành chính từ trung ương đến cơ sở, đồng thời tiến hành cải tổ nền hành chính ở các địa phương. Theo tinh thần tờ Dụ số 57A ngày 24 tháng 10 năm 1956 với chính phủ Việt Nam Cộng Hòa, Thị xã Huế là đơn vị hành chính ngang cấp với tỉnh Thừa Thiên, tuy tỉnh lị Thừa Thiên đặt ở Huế. Mô hình này chỉ tồn tại đến năm 1975.