Trường Võ Trường Toản trước năm 1975 nằm trên đường Nguyễn Bỉnh Khiêm – Sài Gòn, ngay kế bên trường nữ trung học Trưng Vương, thời bấy giờ trường chỉ dành cho nam học sinh. Sau năm 1975, đổi thành trường THCS Võ Trường Toản, dạy cả nam lẫn nữ. Trước 1975, Võ Trường Toản được xem là một trong những ngôi trường đào tạo học sinh giỏi của đô thành Sài Gòn, có các lớp từ đệ thất đến đệ nhất (lớp sáu đến lớp mười hai bây giờ).
Trường Võ Trường Toản được thành lập năm 1955 tại Sài Gòn, là một cơ sở giáo dục trung học công lập dành riêng cho nam sinh, trường được xây dựng trên cơ sở vật chất của Trường Sư Phạm Nam Việt (trước 1955). Tên Trường Võ Trường Toản được đặt dựa theo tên một nhà giáo nổi tiếng ở Gia Định vào cuối thế kỷ 18, được mô tả là “học rộng, có tài thao lược và đức hạnh hơn người” và có công đào tạo ra nhiều danh nhân của Việt Nam.
Trong niên khóa đầu tiên 1955 – 1956, trường Nam trung học Võ Trường Toản được thành lập với ba lớp Đệ Thất (tương đương lớp 6 bây giờ). Học sinh là những thí sinh đậu kế tiếp trong kì thi tuyển vào Đệ thất trường Pétrus Ký khóa tháng 7 năm 1955 (nghĩa là nếu rớt trường Petrus Ký thì nộp đơn vô Võ Trường Toản để được xét tuyển).
Trường Võ Trường Toản được chính thức hóa theo Nghị Định số 62 NĐ/GĐ ngày 07/2/1956 của bộ Quốc gia Giáo dục. Kể từ sau ngày 13/9/1956, trường Võ Trường Toản mới hoạt động riêng biệt và từ đó trường đã có những bước phát triển rất nhanh, từ niên khoá thứ 2 trở đi đã tự tổ chức tuyển sinh vào Đệ thất, năm 1960 đã mở đến lớp Đệ nhất (lớp 12).
Đến năm 1961, trường Võ Trường Toản được Bộ Quốc gia Giáo dục Việt Nam Cộng Hoà công nhận chính là trường trung học đệ nhị cấp, với tôn chỉ đào tạo là Học vấn – Đạo đức – Kỷ luật, nhằm thực hiện triết lý chung của ngành giáo dục là Nhân bản – Dân tộc – Khai phóng.
Từ năm 1960-1970, các cấp học trung học của trường lần lượt là Đệ Thất, Đệ Lục, Đệ Ngũ, Đệ Tứ, Đệ Tam, Đệ Nhị và Đệ Nhất. Từ năm 1970-1971 tên gọi thay đổi giống như hiện nay là lớp 6, 7, 8, 9, 10, 11 và 12.
Từ năm 1971-1972, trường Võ Trường Toản mở thêm hệ bán công ( có thu học phí) học vào buổi tối, hệ này thu nhận cả học sinh nữ. Đến niên khoá 1974 -1975, sỉ số hệ công lập của trường có khoảng 2500 học sinh, còn hệ bán công cũng đã có 21 lớp học gồm các học sinh từ lớp 6-12
Cơ sở vật chất của trường vào thời bấy giờ cũng tương đối khang trang bao gồm: 21 phòng học; phòng thí nghiệm; thư viện; các phòng làm việc của Ban Giám đốc, giáo sư và nhân viên trường; phòng sinh hoạt học đường, sinh tiếp vụ, phòng hớt tóc, sân quần vợt, sân thể thao đa dụng (bóng chuyền, bóng rổ, vũ cầu, võ thuật); nhà thi đấu bóng bàn và câu lạc bộ.
Từ năm 1974 trở đi, trường Võ Trường Toản chọn ngày 10 tháng 1 hàng năm làm Ngày Truyền thống của trường. Trong ngày này diễn ra các hoạt động như: Ban Giám đốc, các giáo sư, học sinh tổ chức lễ dâng hương tại tượng Hiệu tổ ( tượng này do điêu khắc gia Nguyễn Thanh Thu tạc, được đặt trang trọng giữa một hoa viên sát cổng trường); tổ chức các cuộc thi văn nghệ, thể thao giữa các lớp cũng như giao lưu với các trường bạn; tổ chức triển lãm bích báo (báo tường), các công trình và thiết bị khoa học, kỹ thuật do học sinh tự thiết kế, các gian hàng giới thiệu kỹ năng thủ công, gia chánh của học sinh; tổ chức họp mặt cựu giáo sư và cựu học sinh.
Sau năm 1975, trường gộp 2 hệ công lập và bán công để trở thành trường công lập Võ Trường Toản, không còn lớp tối và lúc này nam sinh, nữ sinh học chung. Từ năm học 1977-1978 trở đi, trường chuyển thành trường cấp 2, chỉ dạy từ lơp 6 đến lớp 9. Đến năm 1998 chính thức mang tên là trường THCS Võ Trường Toản.
