Thời nhà Nguyễn, Củ Chi thuộc huyện Bình Dương, phủ Tân Bình, trấn Phiên An. Năm 1836, thuộc huyện Bình Dương, tỉnh Gia Định. Năm 1956, Củ Chi trở thành quận của tỉnh Bình Dương, được thành lập do tách hai tổng Long Tuy Thượng và Long Tuy Hạ của quận Hóc Môn, tỉnh Gia Định.
Củ Chi là tên gọi dân gian của cây mã tiền có nhiều ở vùng này vào thời đó. Cây mã tiền, một loại cây ở rừng, leo bằng móc, lá mọc đối có ba gân, hoa trắng quả tròn, hạt dẹt như khuy áo, dùng làm thuốc.
Thời nhà Nguyễn, Củ Chi thuộc huyện Bình Dương, phủ Tân Bình, trấn Phiên An. Năm 1836, thuộc huyện Bình Dương, tỉnh Gia Định. Năm 1956, Củ Chi trở thành quận của tỉnh Bình Dương, được thành lập do tách hai tổng Long Tuy Thượng và Long Tuy Hạ của quận Hóc Môn, tỉnh Gia Định.
Năm 1963, lập tỉnh Hậu Nghĩa, nửa quận Củ Chi vẫn giữ tên cũ, thuộc tỉnh Hậu Nghĩa, nửa còn lại gọi là quận Phú Hoà, tỉnh Bình Dương. Sau ngày 30 tháng 4 năm 1975 quận Củ Chi của tỉnh Hậu Nghĩa hợp với quận Phú Hòa, tỉnh Bình Dương thành huyện Củ Chi, thuộc Thành phố Hồ Chí Minh.
